两岸周末包机直飞厦门、加上金门到厦门小三通便利，让开辟经香港、澳门到厦门的航线旅客载客率急剧下降，香港、澳门到厦门航线载客率经从顶峰的平均90%跌到只剩约40%。

7月两岸实施周末包机，所有经香港、澳门转机到大陆的上海、北京、厦门等航点的载客率明显下降，其中厦门航点的载客率更是狂降。据了解，经香港、澳门转进厦门的旅客锐减，除受周末包机启动影响外，金门小三通的适用资格不再限制，来往台湾和厦门间的商务客和观光客，大量涌向金门，也是主要原因。

台北经香港、澳门到厦门来回机票虽已掉到新台币1万元以下，但利用金门小三通的管道，如购买立荣航空股份有限公司（UNI Airways Corp.，简称“立荣航空”）包装的“金厦一条龙”台金线机票加金厦线船票，价格约新台币7000元，比经香港、澳门转机便宜。两岸直航包机年底可能扩大到每日包机，经香港澳门转机到上海等城市的载客率还会再降，香港澳门及和大陆航空公司的香港澳门航线，可能会减少航班以应对。